叔梁纥正妻施氏，生九女而无子，妾生长子孟皮，但孟皮有足疾，不能为嗣，于是叔梁纥求于颜氏。颜氏有三女，且欲与叔梁纥为婚，但又念叔梁年老且性情急躁，于是征求三个女儿的意见。两长女皆不愿，唯小女颜征在愿嫁叔梁纥。颜征在时年十八，而叔梁纥已经六十六岁，年龄相差悬殊，两人为婚于《周礼》不合，夫妻在尼山居住并且怀孕，故谓之“野合”。鲁襄公二十二年（前551年）八月孔子降生。孔子生而头上圩顶，而又因其母曾祷于尼山，故名“丘”
孔子三岁的时候，叔梁纥病逝，葬于防。叔梁纥死后，颜征在失去庇佑，被叔梁纥正妻施氏所逐，于是带孔子庶兄孟皮与孔子至曲阜阙里，过着清贫的生活。孔子长大后，亦不得不为生活做许多粗活。孔子后来曾说：“吾少也贱，故多能鄙事。”虽然家庭贫困，但孔子仍然勤奋好学。幼年的孔子常将祭祀用的礼器（俎豆）摆设起来，练习行礼演礼，作为一种游戏。孔子长成后，身高九尺有六寸，因此乡人称其为“长人”。季氏曾飨士，孔子也前去，但为季氏家臣阳虎所绌，于是孔子返回。
孔子自20多岁起，就想走仕途，所以对天下大事非常关注，经常思考治理国家的诸多问题，也常发表一些见解，到30岁时，已有些名气。
鲁昭公二十年，齐景公出访鲁国时召见了孔子，与他讨论秦穆公称霸的问题，孔子由此结识了齐景公。鲁昭公25年，鲁国发生内乱，鲁昭公被迫逃往齐国，孔子也离开鲁国，到了齐国，受到齐景公的赏识和厚待，甚至曾准备把尼溪一带的田地封给孔子，但被大夫晏婴阻。
鲁昭公27年，齐国的大夫想加害孔子，孔子听说后向齐景公求救，齐景公说：“吾老矣，弗能用也。”孔子只好仓皇逃回鲁国。当时的鲁国，政权实际掌握在大夫的家臣手中，被称为“陪臣执国政”，因此孔子虽有过两次从政机会，却都放弃了，直到鲁定公9年被任命为中都宰，此时孔子已 51岁了。
孔子治理中都（今汶上县）一年，卓有政绩，被升为小司空，不久又升为大司寇，摄相事，鲁国大治。鲁定公12年，孔子为削弱三桓（季孙氏、叔孙氏、孟孙氏三家世卿，因为是鲁桓公的三个儿子的后代，故称三桓，当时的鲁国政权实际掌握在他们手中，而三桓的一些家臣又在不同程度上控制着三桓，采取了隳（hui，音辉）三都的措施（即拆毁三桓所建城堡）。后来隳三都的行动半途而废，孔子与三桓的矛盾也随之暴露。恋歌舞，多日不理朝政，孔子非常失望，不久鲁国举行郊祭，祭祀后按惯例送祭肉给大夫们时并没有送给孔子，这表明季氏不想再任用他了，孔子在不得已的情况下离开鲁国，到外国去寻找出路，开始了周游列国的旅程，这一年，孔子55岁。
孔子带弟子先到了卫国，卫灵公开始非常尊重孔子，按照鲁国的俸禄标准发给孔子俸粟6 万，但并没给他什么官职，没让他参与政事。孔子在卫国住了约10个月，因有人在卫灵公面前进谗言，卫灵公对孔子起了疑心，派人公开监视孔子的行动，于是孔子带弟子离开卫国，打算去陈国。路过匡城（今河南睢县）时，因误会被人围困了5日，逃离匡城，到了蒲地，又碰上卫国贵族公叔氏发动叛乱，再次被围。逃脱后，孔子又返回了卫国，卫灵公听说孔子师徒从蒲地返回，非常高兴，亲自出城迎接。此后孔子几次离开卫国，又几次回到卫国，这一方面是由于卫灵公对孔子时好时坏，另一方面是孔子离开卫国后，没有去处，只好又返回。
鲁哀公2年（孔子59岁），孔子离开卫国经曹、宋、郑至陈国，于是派服劳役的人将孔子师徒围困在半道，前不靠村，后不靠店，所带粮食吃完，绝粮7日，最后还是子贡找到楚人，楚派兵迎孔子，孔子师徒才免于一死。孔子64岁时又回到卫国，68岁时在其弟子冉求的努力下，被迎回鲁国，但仍是被敬而不用。
孔子的家境相当贫寒。由于身处乱世，孔子所主张的仁政没有施展的空间，但在治理鲁国的三个月中，使强大的齐国也畏惧孔子的才能，足见孔子无愧于杰出政治家的称号。政治上的不得意，使孔子将很大一部分精力用在教育事业上。孔子曾任鲁国司寇，后携弟子周游列国，入东周向老子请教。最终返回鲁国，专心执教。孔子打破了教育垄断，开创了私学先驱，弟子多达三千人，其中贤人七十二，便是着名的七十二贤士。七十二人中有很多为各国高官栋梁，又为儒家学派延续了辉煌。这“七十二贤士”中，又数颜回，是孔子最爱的弟子。
鲁哀公十二年冬，孔鲤先孔子而死。鲁哀公十四年，颜回先他而去。孔子有所感慨：“昔从我於陈蔡者，皆不及门也。”哀公十四年夏，齐国陈恒弑其君，孔子斋戒沐浴三天，向哀公恳请伐齐，哀公让他“告季孙”，孔子又向季孙请求出兵，结果遭到拒绝。
前480年，孔子另一得意门生子路死于卫国内乱，而且还被剁成肉酱。经过这一系列打击后，孔子知道自己时日不多。
前479年的一天，子贡来见孔子，孔子柱杖依于门前遥遥相望。他对子贡说：“赐，你自怎么来得这么晚？”于是叹息道：“太山（即泰山）坏乎！梁柱摧乎！哲人萎乎！”说完，流下眼泪。接着他又对子贡说：“夏人殡于东阶，周人殡于西阶，殷人殡于两柱间。我昨晚梦到奠于两柱之间。我是殷人。”七天后，孔子逝世，终年七十三岁，被葬于曲阜城北的泗水岸边。众弟子为其服丧3年，子贡为孔子守坟6年。
周敬王四十一年（公元前479年），孔子去世，弟子心丧三年，庐于墓旁者百余室，因名其地为「孔里」，并各植树一棵。孔子后裔承继其儒学，为名相、博士、大儒。台湾之孔垂长先生，为其79代嫡孙。孔子是教育家、亦是政治家，孔子去世后，历代帝王为彰显对孔子的尊崇，不断追封追谥。
西汉元始元年（公元元年），汉平帝刘衎追封孔子为“褒成宣尼公”“褒成”褒奖其功劳，“宣尼”是谥号，“公”是爵位。
北魏太和十六年（公元492年），孝文帝元宏称孔子为“文圣尼父”。“文圣”是尊号，“尼父”是敬称。
北周大象二年（公元580年），静帝宇文衍追封孔子为“邹国公”，“邹”是国名，“公”是爵位。
隋开皇元年（公元581年），文帝杨坚称孔子为“先师尼父”；乾封元年（公元666年），高宗李治赠孔子为“太师”，“太师”为官位。
武周天绶元年（公元690年），武则天封孔子为“隆道公”。“隆道”是封号，“公”是爵位。
唐开元二十七年（公元739年），玄宗李隆基封孔子为“文宣王”。“文宣”为谥号，“王”是爵位。这儿的“王”不是后世皇帝以下的侯王的王，而是周天子“武王”“成王”的王。
宋仁宗至和二年（1055年）改文宣公为衍圣公，后代相沿不改。
西夏仁宗三年（公元1146年）三月，西夏仁宗颁布诏令：“尊孔子为文宣帝，令州郡悉立庙祀，殿庭宏敞，并如帝制。”（据《宋史·夏国传》和吴广成《西夏书事》记载）这一封号是给历朝历代最高级别的人的。
元朝大德十一年（1307年）成宗加衔“大成至圣文宣王”。
明朝世宗嘉靖九年（1530年）尊“至圣先师”。
清朝顺治二年（1645年）世祖尊“大成至圣文宣先师”。
中华民国二十四年（1935年）国民政府尊“大成至圣先师”。
孔子对后世影响深远，虽说他“述而不作”，但他在世时已被誉为“天纵之圣”、“天之木铎”、“千古圣人”，是当时社会上最博学者之一。后世并尊称他为“至圣”（圣人之中的圣人）、“万世师表”，认为他曾修《诗》、《书》，《礼》 、《乐》，序《周易》(称《易经》十翼，或称易传)，着《春秋》。《论语》是儒家学派的经典着作之一，由孔子的弟子及其再传弟子编撰而成。它以语录体和对话文体为主，记录了孔子及其弟子言行，集中体现了孔子的政治主张、伦理思想、道德观念及教育原则等。《论语》与《大学》、《中庸》、《孟子》在南宋后并称“四书”。通行本《论语》共二十篇。《论语》的语言简洁精炼，含义深刻，其中有许多言论至今仍被世人视为至理。而且古代，小孩进学堂第一个拜的就是孔子。
他有众多弟子，如子贡、子路、颜回等。被后世并尊为“亚圣”的孟子与荀子（战国至秦时，荀子的影响力高于孟子，汉唐两者并尊为亚圣，南宋后宋儒为显己抑他，始尊孟子一人为亚圣），以及孙子孔汲的再传弟子。